En los comienzos del siglo XIX empezaron a soplar vientos de cambios en Colombia, la Iglesia Episcopal en Colombia se inició como una capellanía al servicio de los extranjeros de habla inglesa residentes en el país. Por ello, la jurisdicción pastoral pasó sucesivamente de las Islas Malvinas, a Jamaica, a Honduras Británica y finalmente a Panamá. Fue el misionero White Hocking Stirling, de las Islas Malvinas, quien habiendo sido consagrado en 1869 en Londres, asumió la responsabilidad de supervisar pastoralmente a Colombia. Las Islas Malvinas era el único territorio en el continente americano donde podía instalarse legalmente un obispo inglés. Desde una residencia tan remota, difícilmente podía el obispo visitar las misiones o capellanías de Colombia, pero se servía de sacerdotes residentes en Panamá. El reverendo James Crack Morris, consagrado obispo el 5 de febrero de 1920, estuvo a cargo del distrito misionero de Panamá y de la Zona del Canal de Panamá. Hizo su primera visita a Colombia en marzo de 1921. La crisis financiera y laboral de los años 1927-1929 diezmaron la presencia misionera, porque la gente se vio obligada a emigrar a otros lugares en búsqueda de trabajo. El obispo Morris murió en 1930 y la diócesis de Panamá estuvo vacante hasta que fue elegido y consagrado el obispo Harry Beal el 13 de enero de 1937. Dos años después de su consagración, Beal hizo su primera visita pastoral a Colombia, en 1939.
En 1944 el obispo Beal envió a Colombia al reverendo George F. Packard para una visita de dos semanas. El informe que dio motivó de tal manera al consejo nacional de la Iglesia que aprobó la reapertura del trabajo en Colombia en febrero de 1945. Todo estaba preparado para el agresivo plan misionero que se iniciaría ese mismo año.
En 1946, el arzobispo de Canterbury, Geoffrey Fisher, pasó al cuidado pastoral de las iglesias de Colombia y Ecuador al obispo Henry Sherrill, presidente de la Iglesia Episcopal en los Estados Unidos, quien puso a los dos países bajo el cuidado pastoral del obispo Reginald Heber Gooden (1946-1963). El trabajo en Colombia habría de crecer mediante la estrategia de Gooden. El templo más importante de la diócesis fue el de San Alban inaugurado en la pascua de resurrección de 1958.
A principio de los años 70 se hizo evidente para el obispo Gooden que el ministerio debía extenderse hacia los nacionales si se quería un mayor crecimiento de la Iglesia. El 13 de abril de 1961 el obispo celebró la primera misa en español en Barranquilla. Diez días después, ofició un bautismo en español en Cali, siendo el 13 de mayo de 1962 consagrado el templo de Trinity en esta ciudad por el obispo Gooden. Es de señalar que los misioneros de habla inglesa que entraban a Colombia lo podían hacer con la condición de ministrar pastoralmente sólo a los extranjeros.
En 1963 es erigida la Diócesis Episcopal de Colombia. Colombia quedaba desligada del distrito misionero de Panamá y de la Zona del Canal. En aquellos momentos la membresía de la diócesis era, en un porcentaje muy alto, extranjera, hablaba en un 99 por ciento en inglés. El 25 de abril del año 1964, el Rvdmo David Reed, fue consagrado como el primer obispo Diocesano de Colombia. La primera Convención Diocesana de la Diócesis de Colombia fue presidida por el obispo Reed en Barranquilla entre el 18 y el 20 de mayo de 1964. En esta Convención, el obispo Reed trazó los objetivos de su ministerio: crear una iglesia fuertemente pastoral; hacer una iglesia colombiana en idioma español; ser una iglesia ecuménica; participar en la misión mundial de Dios; confiar en el laicado para el ejercicio de un ministerio de vanguardia en el trabajo social. El 11 de noviembre de 1967 fue consagrado por el Obispo Reed el templo y la congregación de San George en Medellín, congregación que más adelante (1976) adoptaría la nominación titular de San Lucas. El primer sacerdote colombiano fue Oscar Pineda Suárez, quien fue ordenado en Guayaquil, Ecuador, por el obispo Reed en 1964. El primer diácono colombiano fue Samuel Pinzón Gil. El obispo Reed estuvo en el episcopado hasta 1972.
El proceso de indigenización de la Iglesia se logró paulatinamente. La diócesis contaba en 1965 con cinco sacerdotes norteamericanos, un británico y dos colombianos. En 1969 los sacerdotes colombianos eran seis, los norteamericanos cuatro y un español. En la actualidad la diócesis cuenta con 43 clérigos y 26 congregaciones.
